（四）传统经营模式挑战越来越大
百强销售规模增速明显高于行业平均水平，在2016年达到了14.78%，而药品零售市场增速为9.18%。但企业销售规模快速增长的同时，企业利润率并没有明显提升。和2012年相比，获得高利润率的企业数量明显降低。在主营业务利润无明显改善的情况下，行业经营成本不断攀升，主要表现在人力成本以及租金成本，进一步压缩了企业的利润。
（五）专业化逐步提升
百强连锁门店执业药师配比刚好1人或者超过1人的有22家，但仍有78家企业执业药师配比不足1。百强连锁2016年整体执业药师配比为0.76，比全国社会药房执业药师配比0.68略高。一方面由于新版GSP规定新增门店必须配备一名执业药师，另一方面为了可以承接更多的处方药市场份额，连锁药店企业对于专业化建设日益重视。总体说来，百强连锁执业药师数量近两年大幅增长，越来越接近监管政策的要求。
（六）品牌建设日益重视
百强连锁中有56家企业申请了商标，其中有16家企业获得了全国驰名商标。大部分百强连锁都是区域龙头型企业，品牌意识在整体行业中占优。零售市场竞争日益激烈，连锁药店的品牌力将会成为连锁药店企业开拓和占领新市场的重要因素。
（七）行业创新任重道远
2016年有52家百强连锁企业并未在创新方面有所投入，体现出创新意识较为薄弱；创新专项投入超过500万元的仅有7家。面对新零售浪潮，勇于探索、无所适从、反应迟钝等现象在行业同时并存。
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