中商情报网讯:全国海洋标准化技术委员会组织相关单位开展了《海绵种属分子鉴定技术规程》(201502007-T)海洋行业标准编制工作,根据《海洋标准化管理办法》要求,现对此项标准征求意见稿公开征求意见。
海绵种属分子鉴定技术规程(征求意见稿)
海绵种属分子鉴定技术规程
1 范围
本标准规定了海绵种属分子生物学鉴定的总则、海绵样品采集与保存、海绵种属分子生物学鉴定方法。
本标准适用于海绵的样品采集、保存、处理和分子生物学种属鉴定方法。
2 规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T 13016-2009 标准体系表编制原则和要求
GB/T 12763.1 海洋调查规范 第1部分:总则
GB/T 12763.6 海洋调查规范 第6部分:海洋生物资源调查
3 术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
3.1 海绵
海绵是目前仍然生存的最古老、最低等的多细胞动物(Metazoans),在动物界中单独构成多孔动物门(Phylum Porifera)。
3.2 海绵分子条码
海绵的保守基因的(部分)序列,如18s rDNA和细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidase subunit Ⅰ,简称COI)的多氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,简称DNA)序列为海绵的保守基因序列信息,可以作为海绵分子条码。
3.3 海绵骨针
海绵骨针(Spicule)是海绵骨骼的基本组成单元,成分包括由二氧化硅组成的硅质骨针(存在于寻常海绵纲或六放海绵纲中)和由碳酸钙组成的钙质骨针(存在于钙质海绵纲中),是鉴定海绵的重要形态学依据。海绵骨针的形状多样、尺寸相差较大,可作为形态鉴定海绵的指标之一。
4 总则
4.1原理
海绵的18s DNA和COI DNA序列为海绵的保守基因序列,可以作为海绵分子条码鉴定海绵种属。通过分子生物学技术——聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,简称PCR)分别扩增海绵的18s DNA和COIDNA的部分序列,测序后分别与已经鉴定海绵的18s DNA和COI DNA序列比对,以此鉴定海绵的种属。
海绵中的绝大部分种属由硅质骨针构成骨架,有极少部分海绵种属由钙质骨针构成骨架、而且基本都是深海海绵,因此以生物是否含有骨针区分海绵与其它生物的判据。
4.2仪器与设备
野外生物样品保存箱或泡沫保温箱;
-80℃冰柜;
高速低温冷冻离心机;
聚合酶链式反应DNA扩增仪(简称PCR仪);
高压灭菌锅;
光学显微镜;
酒精灯。
4.3试剂与材料
(1)无水乙醇(分析纯);
(2)液氮;
(3)异丙醇(分析纯);
(4)醋酸钾溶液(60ml 5 mol/L醋酸钾;11.5 ml 冰醋酸;28.5 ml超纯水);
(5)细胞裂解缓冲液(10 mmol/L Tris-Cl,pH 8.0;1 mmol/L EDTA,pH 8.0;0.1% SDS);
(6)细胞裂解液(20 mmol/L Tris-Cl,pH 7.6);
(7)蛋白酶K(20 mg/ml);
(8)TE缓冲液(pH 7.6)(100 mol/L Tris-Cl,pH 7.6;10 mmol/L EDTA,pH 8.0);
(9)10×PCR缓冲液(500 mmol/L KCl;100 mmol/L Tris-Cl,pH 8.3;15 mmol/L MgCl2,在1.05 kg/cm2 高压灭菌10min)。
(10)PCR酶;
(11)浓硝酸或浓盐酸;
(12)蒸馏水或去离子水;
(13)吸管;
(14)载玻片。
5 海绵样品采集与保存
5.1 对于潮间带海绵,先拍照或摄像,再用金属或木质的小板采集海绵样品于塑料采样瓶中,立刻加入无水乙醇浸没海绵样品并超过2 cm以上,然后放入装有冰袋的泡沫保温箱或野外生物样品保存箱,用于分子生物学鉴定。
5.2 对于潮下带海绵和深海海绵,采样器采集海绵后放入塑料采样瓶中并在瓶中装满样品附近的海水。装有海绵样品和海水的样品瓶被带上船或带上岸后,倒掉采样瓶中海水,立刻加入无水乙醇浸没海绵样品并超过2 cm以上,然后放入装有冰袋的泡沫保温箱或野外样品保存箱,用于分子生物学鉴定。
5.3 上述样品均可在4℃条件下保存1天。
5.4 上述样品转移至-20℃保存。在-20℃保存约2周时间,需要更换全部无水乙醇,无水乙醇加入量超过2 cm以上,然后继续放在-20℃保存。在-20℃继续保存约3个月,需要更换全部无水乙醇,无水乙醇加入量超过2 cm以上,然后继续放在-20℃保存。由此,可以在-20℃继续保存1年。
5.5 海绵样品采集与保存记录于《海绵资源调查采样表》(详见附录A)。